Во-первых в них встроен jquery, то есть пользователи скажут спасибо, если у вас на сайте юзается свой jquery, а на странице с картами подгрузится еще один. Он там устаревший (судя по мануалам 1.3.2, а на данный момент на всех проектах мы уже поставили 1.4.1). Спасибо, что хотя бы отрубили ему пространство имен $ и сделали YMaps.jQuery - войны между версиями не начинается. Хотя с другой стороны, зачем это надо было? Уж если пользоваться, то сдергивать бы на весь сайт этот jquery от яндекса и пользовать на здоровье… В общем обратите внимание, а то пользователи замучаются.

Во-вторых сами функции работы с картой. Есть addOverlay, есть removeOverlay, есть removeAllOverlay, но где же getOverlay, который если не объект, то ссылку на объект возвращал? Ведь например, если я показ оверлеев привязываю к каким-нить чекбоксам через яндексовский jquery, то было бы вполне разумно иметь возможность получить нужный оверлей и делать с ним, что захочется.

Не понимаю

UPD: да что с них взять - даже оффициальные примеры яндекс-карт не работают ни в одном ie: http://api.yandex.ru/maps/jsapi/examples/mapcontrolscustomizing.html